प्रज्ञा प्रतिष्ठानको काम, कर्तव्य र अधिकार देहाय बमोजिम हुनेछ ः–
(क) विज्ञान तथा प्रविधिका विभिन्न विषयहरूमा प्राथमिकताको आधारमा अध्ययन अनुसन्धान तथा विकास र प्रवद्र्धन गर्ने ।
(ख) प्रविधि हस्तान्तरण सम्बन्धी नीति तर्जुमा र कार्यान्वयन गर्ने सम्बन्धमा नेपाल सरकार सरकारलाई सहयोग पु¥याउने ।
(ग) स्वदेशी वा विदेशी वैज्ञानिक तथा प्रविधि सम्बन्धी निकायहरूसित समन्वयात्मक ढंगले कार्यक्रमहरू संचालन गर्ने, गराउने ।
(घ) विज्ञान तथा प्रविधि सम्बन्धी केन्द्रीय प्रलेख तथा सूचना प्रणालीको विकास गरी सेवा प्रदान गर्ने ।
(ङ) विज्ञान तथा प्रविधि विषयहरूमा गोष्ठी, सम्मेलन आदि आयोजना गर्ने, गराउने तथा विज्ञान तथा प्रविधि सम्बन्धी विभिन्न प्रकाशन गर्ने, गराउने ।
(च) विज्ञान तथा प्रविधि सम्बन्धी क्षेत्रीय वा अन्तर्राष्ट्रिय र अन्य विदेशी संघ संस्थासित सम्बन्ध स्थापना, विस्तार र सुदृढ गरी पारस्परिक सहयोग आदान प्रदान गर्ने ।
(छ) प्रज्ञा प्रतिष्ठानको संचालन तथा विज्ञान तथा प्रविधि सम्बन्धी कार्यको लागि राष्ट्रिय तथा अन्तर्राष्ट्रिय निकायबाट वित्तीय, प्राविधिक तथा अन्य सहयोग प्राप्त गर्ने र परिचालन गर्ने ।
(ज) विज्ञान तथा प्रविधिको विकास, प्रवद्र्धन वा प्रयोगमा उत्कृष्ट योगदान दिने व्यक्ति वा संस्थालाई कदर गर्ने र प्रोत्साहित गर्ने ।
(झ) विज्ञान तथा प्रविधिको उपयोगिता र उपादेयता बारे जनमानसमा जागरूकता अभिवृद्धि गर्ने, गराउने र विज्ञान तथा प्रविधिको प्रयोग बढाउन अनुकूल वातावरण सृजना गर्ने ।
(ञ) विज्ञान तथा प्रविधि सम्बन्धी राष्ट्रिय निकायहरूको कार्यक्रम र उपलब्धी बारे अध्ययन गरी आवधिक प्रतिवेदन तयार गर्ने ।
(ट) विज्ञान तथा प्रविधि विकास कार्यक्रम सम्बन्धमा नेपाल सरकारलाई सुझाव दिने ।
(ठ) विज्ञान तथा प्रविधिको अनुसन्धान तथा विकासको लागि नयाँ निकाय वा प्रयोगशाला स्थापना गर्ने सम्बन्धमा नेपाल सरकारलाई राय दिने ।
(ड) देशभित्र रहेको विज्ञान तथा प्रविधिसंग सम्बन्धित कुनै प्रयोगशाला वा निकायको विकासको निमित्त तोकिए बमोजिम वित्तीय वा प्राविधिक सहयोग प्रदान गर्ने ।
(ढ) विज्ञान तथा प्रविधि सम्बन्धी उत्कृष्ट आविष्कार तथा नमूनाहरूको प्रदर्शन कक्ष स्थापना गर्ने ।
(ण) प्रज्ञा प्रतिष्ठानको उद्देश्य पूर्ति गर्न अन्य आवश्यक कामहरू गर्ने, गराउने ।